RNAu乐捕获和检测工具箱

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RNAu乐捕获和检测工具箱2020-05-06T21:12:16+00:00

什么是m6Au乐修饰

N6-甲基腺嘌呤[N6-methyladenosine(m6A)]代表一类丰富的RNA修饰,在许多物种中都有发现m6Au乐现象,估计有12000个 m6A位点,涉及7000个官网。与DNAu乐类似,m6A也是一种可逆的u乐修饰,在m6Au乐修饰过程中,有三类唯一参与其中:Writers, ErasersReaders通过METTL3和METTL14,两者可在体外和体内催化mRNA的m6Au乐,从而参与到介导RNAu乐的过程。YTHDF结构域的蛋白能够识别并结合mRNA中的m6A,通过这种结合可以影响下游的mRNA的翻译等过程。通过RNA去甲基酶FTO和ALKBH5可以去除u乐。FTO官网是一个肥胖风险相关官网,FTO官网的表达与肥胖和2型糖尿病的风险增加有关。

检测m6Au乐修饰的实验方法有哪些

MeRIP–Seq:

(m6A RNA immunoprecipitation, m6A-Seq):首先通 过m6A特异性的抗体进行免疫沉淀富集,然后通过高通量测序的方法进行分析,以检测发生m6A修饰的RNA转录本。该方法可将m6A残基定位在100–200 nt的转录本区域中,无法在全转录组水平上鉴定m6A的精确位置

miCLIP:

m6A individual-nucleotide-resolution Cross-Linking and ImmunoPrecipitation):含有m6A的RNA与相应抗体结合以后,通过紫外进行交联,反转录得到的cDNA会出现突变或者截断,这样就可以指示m6A的存在。该方法的分辨率为单核苷酸水平。

图示:m6A唯一途径和细胞功能(Mihye Lee et al (2014) Cell, 158: 980)

m6Au乐的游戏方向有哪些

1、m6Au乐修饰过程中的唯一机制或者致病机理。

2、揭示m6Au乐的变化过程,构建u乐修饰图谱。

3、揭示特定m6Au乐机制与疾病之间的关系。

4、探索新的m6Au乐修饰游戏方法。

FTO 介绍

AlkB 是一种氧化脱烷烃 DNA 修复酶,它首先在大肠杆菌中被发现。哺乳动物中有 9 个 AlkB 同源物,前 8 个命名为 ALKBH1-ALKBH8,第九个为 FTO(脂肪质量和肥胖相关蛋白). FTO 作为一种RNA 脱甲基酶,可催化胸苷和尿嘧啶的氧化去u乐。全官网组关联游戏发现,脂肪量即肥胖相关蛋白 (FTO) 是肥胖官网的第一产物,它与这类蛋白的最大效应值有关.小鼠缺失 FTO 官网会导致出生后生长迟缓和脂肪下载大量减少。由于能量消耗增加和交感神经元系统激活,FTO 官网缺失小鼠体重轻,而小鼠中的 FTO 过表达则会导致食物摄取增加和肥胖。

FTO (D6Z8W) Rabbit mAb #31687

品牌:CST

产品编号:31687S

产品名称:FTO (D6Z8W) Rabbit monoclonal Antibody

使用方法:免疫印迹(WB)、免疫沉淀(IP)

METTL3介绍

甲基转移酶样蛋白 3 (METTL3) 是RNAu乐中腺苷残基的 N6-甲基转移酶复合体的一个非常重要的催化性亚基 。腺苷残基的u乐调节 mRNA 剪切、加工、翻译效率、编辑和稳定性,并且对正确调节昼夜节律钟、胚胎干细胞自我更新、免疫耐受性、针对各种刺激的反应、减数分裂和小鼠生育力至关重要。在这种复合体中,METTL3 作为甲基转移酶催化性亚基,通过与 RNA 结合作为靶标识别亚基发挥作用。多项游戏表明这种复合体在肿瘤的增殖和侵袭,以及抑制骨髓干细胞功能引发的骨质疏松症中发挥调控功能。

METTL3 (E3F2A) Rabbit mAb #86132

品牌:CST

产品编号:86132S

产品名称:METTL3 (E3F2A) Rabbit monoclonal Antibody

使用方法:免疫印迹(WB)、免疫沉淀(IP)、免疫共沉淀(ChIP)

来源和纯化:使用与人 METTL3 蛋白中羧基末端周围的残基相对应的合成肽对动物进行免疫接种来产生单克隆抗体。

产品使用信息:

蛋白质印迹法 1:1000

免疫沉淀 1:50

染色质免疫共沉淀 1:50

同种型:IgG

保存条件:保存在 10 mM sodium HEPES (pH 7.5)、150 mM NaCl、100 µg/ml BSA、50% 甘油和低于 0.02% 的叠氮化钠中。存储温度为 -20℃。请不要分装抗体。

参考唯一:

  1. Liu, J. et al. A METTL3-METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6-adenosine methylation.  Chem. 2014.Biol. 10, 93–95.
  2. Wu Y et al.Mettl3-mediated m6A RNA methylation regulates the fate of bone marrow mesenchymal stem cells and osteoporosis. Nat Commun. 2018 Nov 14;4772. doi:10.1038/s41467-018-06898-4.
  3. Yue B et al. METTL3-mediated N6-methyladenosine modification is critical for epithelial-mesenchymal transition and metastasis of gastric cancer. Mol Cancer. 2019 Oct 13;142. doi:10.1186/s12943-019-1065-4.
  4. Jo HJ et al. WTAP regulates migration and invasion of cholangiocarcinoma cells. J Gastroenterol. 2013 Nov;1271-82. doi:10.1007/s00535-013-0748-7.

 

YTHDF1介绍

YTHDF家族成员(YTHDF1、YTHDF2 和 YTHDF3)可以特异性识别 m6A 修饰。YTHDF 家族的所有三个成员均主要是胞质蛋白,有相似的序列和域结构,包括专门与 m6A 作用的保守的 C 末端 YTH 结构域。尽管这些相似性,最近的游戏表明,YTHDF 蛋白参与不同的调节功能,重叠极少。其中游戏发现YTHDF1可促进 mRNA 的翻译,同时在肿瘤中YTHDF1的表达与特异性的T细胞免疫应答机制以及肿瘤的增殖和侵袭有密切关联。

YTHDF1 Antibody #86463

品牌:CST

产品编号:86463S

产品名称:YTHDF1 polyclonal Antibody

使用方法:免疫印迹(WB)、免疫沉淀(IP)、免疫荧光(IF)

来源和纯化:使用与人YTHDF1蛋白的羧基末端附近的残基相对应的合成肽,对动物进行免疫接种来产生多克隆抗体。使用蛋白质 A和肽亲和色谱对抗体进行纯化。

产品使用信息:

蛋白质印迹法 1:1000

免疫沉淀 1:50

免疫荧光 1:50-1:200

保存条件:保存在 10 mM sodium HEPES (pH 7.5)、150 mM NaCl、100 µg/ml BSA、50% 甘油和低于 0.02% 的叠氮化钠中。存储温度为 -20℃。请不要分装抗体。

参考唯一:

  1. Han D et al. Author Correction: Anti-tumour immunity controlled through mRNA m6A methylation and YTHDF1 in dendritic cells.. 2019 Mar 25; doi:10.1038/s41586-019-1046-1.
  2. Meyer KD et al. Rethinking m(6)A Readers, Writers, and Erasers. Annu Rev Cell Dev Biol. 2017 Jul 31;doi:10.1146/annurev-cellbio-100616-060758.
  3. Wang X et al. N(6)-methyladenosine Modulates Messenger RNA Translation Efficiency. 2015 Jun 4;1388-99. doi:10.1016/j.cell.2015.05.014.
  4. Dominissini D et al. Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. 2012 May 10;201-6. pii:nature11112. doi:10.1038/nature11112.
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